Cl˙ster de cÓlcul de la UIB

Un clúster de càlcul és un conjunt d'ordinadors que cooperen juntament i que està dissenyat per donar altes prestacions en termes de capacitat de càlcul. L'objectiu d'aquest clúster és donar suport als membres de la comunitat investigadora de la UIB en l'activitat d'investigació i innovació. Aquest clúster es troba situat al Centre de Tecnologies de la Informació (CTI) de la UIB.

Qui pot solĚlicitar aquest servei?

 Poden demanar accés al clúster:

  1. Els membres del col·lectiu PDI mitjançant una sol·licitud a UIBdigital. Una vegada acceptada, l'accés al clúster es farà amb les credencials d'UIBdigital.
  2. Els membres d'altres col·lectius o membres externs de grups d’investigació d’altres universitats amb col·laboració amb la UIB, ho hauran de fer mitjançant un membre PDI que es faci responsable i ho sol·liciti a UIBdigital. Una vegada acceptada, la persona tindrà accés al clúster amb les seves credencials d'UIBdigital.

 

Com puc donar-me de baixa d'aquest servei?

Es pot sol·licitar la baixa mitjançant el formulari de suport expressant que no requereix dels recursos de computació. El CTI eliminarà el compte i totes les dades associades al compte.

Com puc solĚlicitar la instalĚlaciˇ de nou programari al cl˙ster?

Els usuaris podran realitzar la instal·lació de nou programari d’ús propi de manera independent, sense intervenció del CTI. En els casos en què l'usuari desitgi que sigui el CTI qui realitzi la instal·lació del software, es pot sol·licitar la instal·lació a través del formulari de suport.

Si el software és per a l'ús per part d'un grup d'investigadors, s'haurà de fer mitjançant el formulari de suport. D'aquesta manera, es procedirà a fer la instal·lació amb l’objectiu de rebre els permisos corresponents.

Com puc accedir al cl˙ster?

L'accés al clúster de computació s'ha de fer mitjançant un client ssh amb les dades d'accés següents:

  • Nom del clúster: foner.sint.uib.es
  • Dades d'usuari: s'empraran les credencials d'UIBdigital

L'usuari disposa d'un intèrpret de comandes tipus shell per dur a terme totes les funcions de gestió i administració i d'un planificador de recursos slurm per llançar treballs. El cluster també disposa dels compiladors GNU i compiladors Intel. Per obtenir més informació, es poden consultar els manuals d'usuari.

L'accés al clúster només està permès des de dins la UIB. En cas de requerir accés des de fora de la UIB, serà requeriment establir en primer lloc una connexió VPN.

Com estÓ distribu´t l'espai d'emmagatzematge?

El magatzem de dades corresponent a l'usuari està distribuït en 2 particions:

  1. Dades de càlcul: s'hi registraran les dades/resultats i el software d'ús personal per poder executar els càlculs. Aquesta àrea estarà limitada per una quota que es definirà segons les necessitats de disponibilitat total d'espai. No es farà backup de cap d'aquestes dades. Per tant, és responsabilitat de l'usuari disposar de còpies de seguretat si escau.
  2. Dades de resultats temporals: s’hi emmagatzemaran els resultats temporals o parcials de les execucions. Aquesta àrea en principi no estarà subjecta a quota per usuari. Per tal de garantir l'espai per a les execucions presents, les dades dins aquesta partició tindran un cicle de vida de l'ordre de dies i, periòdicament, s'anirà netejant de manera automàtica.

Com es prioritzen els treballs al cl˙ster de cÓlcul?

El clúster de càlcul segueix un esquema fairshare, que és un sistema de cues que permet als treballs pendents per executar establir una prioritat a cadascun. La prioritat del treball és un factor que depèn:

  • De la utilització dels recursos assignats: els treballs d’usuaris amb utilització de recursos no exhaurida dins un període tindran major prioritat que treballs d’usuari amb utilització de recursos exhaurida.
  • De la història recent d’ús dels recursos de computació: una vegada s’hagin utilitzat els recursos assignats, el treball de l'usuari amb menys utilització de recursos en els darrers dies tindrà major prioritat que els treballs de l'usuari que hagin fet mes ús dels recursos.

Com Ús que treballs amb prioritat mÚs baixa s'executen primer?

El planificador slurm disposa d’un algorisme per optimitzar l’ús de recursos disponibles. Aquest algorisme requereix que a l’hora de llançar el treball s’indiqui el temps estimat de durada. L’algorisme backfill permet posar en execució treballs de més baixa prioritat amb les següents condicions:

  1. El treball de més baixa prioritat aprofita els recursos que deixa lliures el treball que s’executa.
  2. La finestra de temps d’execució del treball de més baixa prioritat és menor o igual a la finestra de temps del treball que s’executa.

 

Com puc solĚlicitar aquest servei?

Consultau la pàgina de sol·licitud d'aquest servei.

 

On puc adrešar-me en cas de problemes?

Posau-vos en contacte amb nosaltres mitjançant el formulari de suport.

 

Aplicacions instalĚlades al cl˙ster de cÓlcul

Aplicacions instalĚlades al cl˙ster de cÓlcul

 

AplicacióMòdul associatDescripció
Gaussian09foner-modules/g09Càlcul químic. Requereix llicència.
Turbomolefoner-modules/turbomoleCàlcul de química quàntica. Requereix llicència.
NWChemfoner-modules/intel-dev
foner-modules/nwchem
Aplicació de càlcul químic.
Gromacsfoner-modules/gromacs/4.6.5-bullxmpif
foner-modules/gromacs/4.6.5-serial
Càlcul de dinàmica molecular.
Molprofoner-modules/molproCàlcul d'estructura electrònica molecular.
Paudafoner-modules/paudaComparació d'ADN amb seqüències de proteïnes.
MPIBlastfoner-modules/mpiblastImplementació lliure i paral·lela de NCBI BLAST.
Velvetfoner-modules/velvetAssemblador de seqüències.
WRFfoner-modules/wrfPrediccions meteorològiques.

 

 

Termes d'˙s dels recursos de computaciˇ

Termes d'˙s dels recursos de computaciˇ

Els usuaris donats d'alta al clúster hauran d'acceptar els següents termes d'ús:

  • Utilitzar els recursos de computació únicament per dur a terme treballs d’investigació.
  • Els comptes d’usuari són personals i intransferibles.
  • Els usuaris són responsables dels possibles incidents ocasionats per un ús inadequat dels seus comptes.
  • Els usuaris respectaran la privacitat de dades pertanyents a altres usuaris que es trobin en àrees compartides. 
  • Els usuaris són responsables d'assignar un temps d'execució estimat a cada treball, ja que el planificador necessita aquesta informació per fer un repartiment òptim dels recursos. Si no s'afegeix aquest temps, se n'assignarà un per defecte d'una hora. Quan s'hagi exhaurit el temps que s'ha assignat a un treball, aquest es cancel·larà.
  • No s'ampliarà ni el temps màxim d'execució de cada treball ni el temps que cada usuari ha assignat al seu treball, llevat que ho autoritzi el delegat del Rector.
  • Respectar que el CTI pot, al mateix temps, aturar, endarrerir o canviar la prioritat dels treballs encoats per motius administratius, de manteniment o de força major.
  • Responsabilitzar-se de tenir sempre una còpia de seguretat dels seus fitxers emmagatzemats al clúster, entenent que el CTI no generarà còpies de seguretat de les seves dades ni del directori /data/scratch ni del directori /home de cada usuari ni es farà responsable de la pèrdua d'aquestes.
  • Respectar les quotes i l'espai assignat a cada usuari. El mateix sistema s'encarregarà d'avisar l'usuari si està arribant al límit de l'espai permès i si ha de transferir les seves dades fora del clúster.
  • No utilitzar els nodes de login ni els nodes de computació per fer càlculs de forma interactiva.
  • Se sap que els treballs no sempre s'executen més ràpid si afegim recursos al treball. Per tant, intentar no fer mal ús dels recursos de computació.

 

L'incompliment de qualsevol d'aquestes normes es reportarà al delegat del Rector perquè en prengui les mesures adequades.